Coordonnées
IRCM
T 514 987-5668
marlene.oeffinger@ircm.qc.ca
http://oeffingerlab.org/
Axes de recherche
- Interactions protéiques
- Génomique
- Protéomique
- Biologie des systèmes
Description de la recherche
Les ARN jouent un rôle bien plus important qu’on ne le pensait auparavant : ils ne sont pas seulement vecteurs d’informations génétiques mais peuvent aussi être des éléments régulateurs de l’expression des gènes. Après leur transcription, les molécules d’ARN, toutes espèces confondues, s’assemblent en complexes ribonucléoprotéiques (RNP) pour être modifiées, repliées et transportées vers leur destination finale dans la cellule. Cependant, la maturation de chacune des espèces d’ARN emprunte une voie différente définie par des facteurs de traitement très spécifiques propres à une espèce d’ARN donnée. La maturation d’un ARN forme ainsi des réseaux d’interactions ARN-protéine dynamiques impliquant des centaines de protéines définissant, entre autre, l’ordre des événements de maturation. Pour comprendre le processus global et le rôle des RNPs et des ARNs, il est essentiel de définir comment ces événements sont coordonnés dans l’espace et dans le temps et comment ils sont liés à d’autres processus cellulaires physiologiques et pathologiques.
Le laboratoire Oeffinger étudie la régulation et la dynamique des voies de maturation des ARNs. L’objectif principal est de déterminer, dans le temps et l’espace, l’assemblage et la coordination des facteurs de maturation des ARNs, ainsi que d’identifier les mécanismes de contrôlant le traitement, la modification et l’assemblage de différents ARNs. Par conséquent, nous combinons des approches de protéomique, de RNomique, biochimiques et informatiques pour comprendre la dynamique des voies de maturation des ARNs dans différents contextes cellulaires et dans différents organismes.
De cette façon, nous apportons une meilleure compréhension sur la maturation des ARNs et son incidence sur d’autres processus cellulaires, notamment les dommages et la réparation de l’ADN, ainsi que sur l’apparition de diverses maladies neurodégénératives telles que la maladie d’Alzheimer et la SLA. Nous nous intéressons également à l’étude de la traduction: comment différents ARNm peuvent nécessiter des ribosomes-niches («ribosomes spécialisés») pour une traduction optimale, c’est-à-dire spécifique d’un tissu.
Research axis
- Protein Interactions
- Genomics
- Proteomics
- Systems Biology
Research description
RNAs play an even more significant role within cells than previously thought; they are not only the conveyer of genetic information but can themselves be regulators of gene expression. All RNA species share the fact that, after transcription, they assemble into ribonucleoprotein (RNP) complexes to get modified, processed and transported to their final destination within the cell. However, for each of these RNA species, this maturation occurs by a different pathway defined by very specific processing factors, forming dynamic RNA-protein interaction networks that implicate hundreds of proteins and define the order of maturation events. Critical to our understanding of the overall process and role of RNPs and RNAs is to know how these events are coordinated in space and time, and how they are linked to other cellular processes in health and disease.
The Oeffinger laboratory studies the regulation and dynamics of RNA maturation pathways. The main focus is to determine the temporal and spatial assembly and coordination of RNA maturation factors, as well as to identify the underlying control mechanisms that drive the processing, modification, and assembly of different RNAs. We, therefore, combine proteomic, RNomic, biochemical and computational approaches to build a dynamic picture of RNA maturation pathways in different cellular contexts and organisms to yield important information on how RNA maturation is linked to other cellular processes including DNA damage and repair, development as well as onset of various neurodegenerative diseases such as Alzheimer’s Disease and ALS, and how different mRNAs may require niche-ribosomes (’specialized ribosomes’) for their optimal, i.e. tissue-specific, translation.
Publications
- Lessard F, Igelmann S, Trahan C, Huot G, Saint-Germain E, Mignacca L, Del Toro N, Lopes-Paciencia S, Le Calvé B, Montero M, Deschênes-Simard X, Bury M, Moiseeva O, Rowell MC, Zorca CE, Zenklusen D, Brakier-Gingras L, Bourdeau V, Oeffinger M and Ferbeyre G. (2018) Ribosome biogenesis defects in senescence reveal a novel checkpoint to control CDK4. Nat Cell Biology June 25.
- Scott DD, Trahan C, Zindy PJ, Aguilar LC, Delubac M, Van Nostrand EL, Adivarahan S, Wei KE, Zenklusen D, Yeo GW and Oeffinger M. (2017) Nol12 is a multifunctional endonuclease at the nexus of RNA and DNA metabolism. Acids Res. EPub Oct 23. doi: 10.1093/nar/gkx963.
- Trahan C and Oeffinger M. (2016) Targeted cross-linking-mass spectrometry determines vicinal interactomes within heterogeneous RNP complexes. Acids Res. Feb; 44(3): 1354-69.
- Burlacu E, Lackmann F, Aguilar LC, Berlikoc S, van Nues R, Trahan C, Hector RD, Whiteley ND, Cockroft SL, Wieslander L, Oeffinger M and Granneman S. (2017) High through-put RNA structure probing reveals critical folding events during early stages of ribosome biogenesis in yeast. Nat Comm. Sep 28;8(1):714.
- Oeffinger M and Montpetit B. (2015) Emerging properties of nuclear RNP biogenesis and export. Curr Opinion Cell Biol. – Special Issue Cell Nucleus June; (34): 46-53.