Petropoulos, Sophie, Ph.D.

Coordonnées

Centre de recherche – CHUM
Institut du cancer de Montréal
900 rue St-Denis, bureau R12-472
Montréal, QC, H2X 0A9
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sophie.petropoulos@umontreal.ca
sophie.petropoulos@ki.se

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Axes de recherche

  • Génomique
  • Bioinformatique
  • Endocrinologie
  • Approches thérapeutiques

Description de la recherche

  • Étudier comment les «insultes» dans l’environnement préimplantatoire peuvent modifier les « omics » (méthylome, transcriptome et ARN non codants) des trois premières lignées à résolution monocellulaire et comment ces altérations reprogramment le placenta et le développement du fœtus menant à des maladies et des désordres plus tard dans la vie.
  • Examiner l’impact des thérapies adjuvantes et de l’environnement ex vivo sur les embryons préimplantatoires, tels qu’ils se produisent dans la reproduction artificielle (TAR).
  • Expliquer les aspects fondamentaux du développement embryonnaire préimplantatoire chez les mammifères et de la biologie de l’ARN.
  • Étudier les mécanismes sous-jacents à la formation de la lignée de l’embryon de mammifère à une résolution monocellulaire.

Research axis

  • Genomics
  • Bioinformatics
  • Endocrinology
  • Therapeutic approaches

Research description

  • Investigate how ‘insults’ to the preimplantation environment can modify the ‘omics’ (methylome, transcriptome and noncoding RNAs) of the first three lineages at single cell resolution and how these alterations reprogram the placenta and developing fetus, ultimately leading to disease and disorder later in life.
  • Investigate the impact of adjuvant therapies and ex vivo environment on preimplantation embryos, as occurring in Artificial Reproduction (ART).
  • Unravel fundamental aspects of the mammalian preimplantation embryo development and RNA biology.
  • Investigate the role of noncoding RNAs in the lineage formation and programming of the mammalian embryo at a single-cell resolution.

Publications

  • Petropoulos S*, Edsgärd D*, Reinus B*, Deng Q, Panula S, Codeluppi S, Plaza Reyes A, Linnarsson S, Sandberg R‡, Lanner F‡. Single-Cell RNA-seq Reveal Lineage Segregation and X-chromosome Inactivation in Human Preimplantation Embryos. *,‡equal contribution. Cell. 2016 May 5; 165(4):1012-26. doi: 10.1016/j.cell.2016.03.023. [Epub 2016 April 7]
  • Collier AJ*, Panula S*, Schell JP, Chovanec P, Plaza Reyes A, Petropoulos S, Corcoran AE, Walker R, Douagi I, Lanner F, Rugg-Gunn PJ. Comprehensive Cell Surface Protein Profiling Identifies Novel Markers of Human Naïve and Primed Pluripotent States. *equal contribution. Cell Stem Cell 2017 June 1; 20(6):874-890
  • Posfai E, Petropoulos S, Barros F, Schell JP, Sandber R, Lanner F, Rossant J. Position- and Hippo-signaling-dependent plasticity of the developing inner cell mass and trophectoderm lineages in the mouse.   ELife 2017 Feb 22;6. pii: e22906.
  • Chen G, Schell JP, Benitez JA*, Petropoulos S*, Reinius B, Yilmaz M, Alekseenko Z, Shi L, Hedlund E, Lanner F, Sandberg R, Deng Q. Single-cell analyses of X-chromosome inactivation dynamics and pluripotency gene program during differentiation.   *equal contribution. Genome Research. 2016 Oct; 26(10):1342-1354.
  • Zhang H*, Panula S*, Petropoulos S, Edsgärd D, Busayavalasa K, Liu L, Li X, Risal S, Shen Y, Shao J, Liu M, Li S, Zhang D, Zhang X, Gerner RR, Sheikhi M, Damdimopoulou P, Sandberg S, Douagi I, Gustafsson JA, Liu L, Lanner F, Hovatta O, and Liu K§. No DDX4-expressing functional oogonial stem cells in adult human and mouse ovaries. * §equal contribution. Nature Medicine. 2015 Oct;21(10):1116-8.